Remiantis 2003 m. gruodžio 24 d. pasirašytu finansiniu memorandumu dėl 2003 m. Bendradarbiavimo abipus sienos Baltijos jūros regione programos Nr. 2003/005-877 įgyvendinimo, BAS programa siekiama šių pagrindinių tikslų:
·         plėtoti Baltijos jūros regiono šalių ekonominį potencialą stiprinant jau veikiančias struktūras;
·         mažinti regionų periferiškumą, prisidėti prie gyvenimo kokybės augimo ir skatinti regiono šalių bendradarbiavimą;
·         prisidėti prie nevyriausybinių organizacijų vystymosi ir remti jų bendradarbiavimą Baltijos jūros regione.

Tęsiant ankstesniųjų PHARE BAS programų bendradarbiavimo patirtį, PHARE 2003 BAS Programa teiks pagalbą vietinių, regioninių bei nevyriausybinių organizacijų bendradarbiavimui Baltijos jūros regione. Ypatingas dėmesys bus skiriamas vietos bendruomenių iniciatyvoms, siekiant užtikrinti aplinkos apsaugą, vystyti žmogiškuosius išteklius ir remti Baltijos jūros regiono ekonominį vystymąsi. Todėl finansiniu memorandumu šiems tikslams įgyvendinti skiriami 3 mln. eurų bus paskirstyti kaip subsidijos viešajam sektoriui. Parama bus įgyvendinama per Mažųjų projektų (projekto dydis tarp 20 000 ir 50 000 eurų) fondą ir vidutinių projektų (projekto dydis tarp 50 000 ir 300 000 eurų) fondą. Kaip ir anksčiau, 1 mln. eurų bus skiriamas remti smulkiųjų bendradarbiavimo projektų finansavimui, o likę 2 mln. eurų bus skirti vidutinio dydžio projektams, įskaitant nedidelius infrastruktūros projektus, jei šie projektai turės stiprų poveikį abipus sienos.