Wspólny Komitet Monitorujący i Sterujący (WKMS) Programu Sąsiedztwa Litwa, Polska, Obwód Kaliningradzki Federacji Rosyjskiej (Program Sasiedztwa) za pomocą procedury pisemnej podjął decyzję o przyznaniu dodatkowego dofinansowania dla projektów współ-finansowanych w ramach Programu.

Podjęcie takiej decyzji było możliwe po uprzednim zatwierdzeniu przez Komisję Europejską wniosku o przedłużeniu kwalifikowalności środków Programu Sąsiedztwa, oraz dzięki powstaniu oszczędności w Programie (po podsumowaniu wyników finansowych wszystkich zrealizowanych projektów). Decyzja weszła w życie 27 marca 2009.
W sumie 28 projektom przyznano kwotę 3.991.292,23 euro, w tym 2.976.986,02 euro pochodzących ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. Dodatkowe środki zostały przyznane przede wszystkim na pokrycie wydatków poniesionych podczas realizacji działań, których wartość przekrczyła początkowy budżet projektu. Dodatkowe dofinansowanie umożliwi także zrealizowanie działań, których nie udało się zrealizować w okresie realizacji projektu. Niestety nie wszystkie wnioski o dodatkowe dofinansowanie zostały rozpatrzone pozytywnie – całkowita kwota o którą wnioskowali Beneficjenci wynosiła 5.130.278,26 euro.
Pracownicy Wspólnego Sekretariatu Technicznego kontaktują się obecnie z Partnerami Wiodącymi projektów, którym zostało przyznane dodatkowe dofinansowanie w celu podpisania aneksu do umowy o dofinansowanie.

Dodatkowe dofinansowanie przyznano następującym projektom:

2005/027	“REKONSTRUKCJA MIĘDZYNARODOWEGO SZLAKU BURSZTYNOWEGO – ETAP PIERWSZY W PRUSZCZU GDAŃSKIM”
2005/078	„POPRAWA CZYSTOŚCI WÓD MORZA BAŁTYCKIEGO POPRZEZ ROZWÓJ SYSTEMÓW GOSPODARKI WODNEJ – I ETAP“
2005/087	„ZAPEWNIENIE TRWAŁEGO ROZWOJU W REJONIE TRANSGRANICZNYM POPRZEZ PRZEBUDOWĘ UL. MARYNARKI POLSKIEJ W USTCE”
2005/090	“ROZWÓJ OBSZARU PRZYGRANICZNEGO POPRZEZ BUDOWĘ I MODERNIZACJĘ PORTÓW – ‘TRZY PORTY’”
2005/146	„ROZWÓJ INFRASTRUKTURY TURYSTYCZNEJ POPRZEZ BUDOWĘ ŚCIEŻEK ROWEROWYCH I PIESZYCH NA POGRANICZU POLSKO-LITEWSKIM“.
2005/148	“ROZWÓJ INFRASTRUKTURY BEZPIECZEŃSTWA TURYSTÓW REJONU PRZYGRANICZNEGO LITWY I POLSKI”
2005/168	„UTWORZENIE LABORATORIUM ANALIZ FARMACEUTYCZNYCH W TRANSGRANICZNYM OBSZARZE POLSKO-LITEWSKIM“
2005/170	“PRZEBUDOWA OBIEKTU DZIEDZICTWA KULTUROWEGO; CENTRUM WSPÓŁPRACY TRANSGRANICZNEJ W ELBLĄGU”
2005/179	“ROZWÓJ INFRASTRUKTURY DROGOWEJ NA POLSKO-LITEWSKIM POGRANICZU W WOJEWÓDZTWIE PODLASKIM”
2005/199	„POPRAWA KONTAKTÓW TURYSTYCZNYCH NA POGRANICZU LITEWSKO-POLSKIM POPRZEZ TWORZENIE CENTRÓW INFORMACJI TURYSTYCZNEJ“
2005/201	“ROZWÓJ INFRASTRUKTURY DROGOWEJ W POLSKO-LITEWSKIM OBSZARZE GRANICZNYM”
2005/202	“ROZWÓJ INFRASTRUKTURY STREF PRZEMYSŁOWYCH NA [POGRANICZU POLSKO-LITEWSKIM”
2006/272	„POPRAWA INFRASTRUKTURY OCHRONY POGRANICZA LITEWSKO-POLSKIEGO POPRZEZ ROZWÓJ USŁUG REANIMACYJNYCH“
2006/273	„PROGRAM ZRÓNOWAŻONEJ ENERGII DLA MAŁYCH SPOŁECZNOŚCI W REGIONIE PRZYGRANICZYM POLSKI I LITWY“
2006/313	„INFRASTRUKTURA TURYSTYCZNA DROGI WODNEJ BERLIN-KALININGRAD-KŁAJPEDA W TCZEWIE I KŁAJPEDZIE”
2006/345	“ORGANIZACJA DZIECIĘCYCH ROZGRYWEK PIŁKI NOŻNEJ – DOBRY PRZYKŁAD INTEGRACJI SPOŁECZNOŚCI PRZYGRANICZNEJ”
2006/347	“POLSKO-ROSYJSKA SZKOŁA OCHRONY DZIEDZICTWA KULTUROWEGO STUDZIENKA 2007”
2006/362	„TRANSGRANICZNA AKADEMIA LIDERÓW MŁODZIEŻOWYCH“
2006/373	“POLSKO-ROSYJSKIE FORUM BEZPIECZEŃSTWA “BEZPIECZEŃSTWO BEZ GRANIC”
2006/376	“NADBAŁTYCKIE SEMINARIA EDUKACYJNE – SPOŁECZEŃSTWO, PRZYRODA, KULTURA, ZRÓWNOWAŻONY ROZWÓJ”

Dodatkowe dofinansowanie przyznano następującym projektom pod warunkiem spełnienia dodatkowych warunków postawionych przez WKMS:

2005/067	„ROZWÓJ TURYSTYKI REGIONU NA BAZIE PLACU EUROPEJSKIGO W SUWAŁKACH I MIESTO SODAS W ALYTUSIE“
2006/266	“EDUKACJA EKELOGICZNA MIESZKAŃCÓW – WYMIANA DOŚWIADCZEŃ POLSKO-ROSYJSKICH”
2005/068	„ROZWÓJ TURYSTYKI POPRZEZ ADAPTACJĘ DZIDZICTWA KULTURALNEGO W LAZDIJAI I GMINIE PUŃSK“
2005/072	“POBUDZANIE INWESTYCJI STREF PRZEMYSŁOWYCH I INWESTYCJI ‘W SZCZERYM POLU’ NA OSZARZE EUROREGIONU NIEMEN”
2005/109	“PRODUKT TURYSTYCZNY SZSANSĄ AKTYWIZACJI SPOŁECZEŃSTW OBSZARU POJEZIERZA IŁAWSKIEGO, DORZECZA DRWĘCY I KŁAJPEDY”
2005/194	„POPRAWA BEZPIECZEŃSTWA W POLSKO-LITEWSKIM REJONIE TRANSGRANICZNYM POPRZEZ WSPÓŁPRACĘ SŁUŻB MEDYCZNYCH“
2006/312	“EUROPEJSKIE DNI TAŃCA W MALBORKU”
2006/314	“MALBORK I MOSĖDIS WELCOME CENTRES” – WSPARCIE INWESTYCJI DLA ROZWOJU TURYSTYKI TRANSGRANICZNEJ”